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使用Annovar进行vcf注释并绘制瀑布图

Posted on 2024年 12月 31日2025年 7月 4日 by KevinZhou

1. 下载Annovar软件本体 https://annovar.openbioinformatics.org…

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dN/dS 的计算,核心理念及应用

Posted on 2024年 12月 31日2025年 1月 2日 by KevinZhou

核心理念原文链接 dN/dS 是什么 这里的 S 即 Synonymous,N 即 Nonsynonymous…

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配置OncoAnalyzer

Posted on 2024年 12月 20日2024年 12月 20日 by KevinZhou

conda create -n hmftools_env conda activate hmftools_en…

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禁用UniAccess Agent

Posted on 2024年 11月 15日 by KevinZhou

@echo on set /a count=0 set /a max=10 :loop if %count% …

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机器学习、深度学习与AI基础

Posted on 2024年 11月 11日2025年 6月 11日 by KevinZhou

1.机器学习和深度学习的定义与差别 机器学习:是一种人工智能技术,在给定数据集的情况下,可以自动学习模式并使用…

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从Cellranger Count开始的velocyto、scvelo速率分析

Posted on 2024年 11月 6日2025年 7月 10日 by KevinZhou

1. 首先使用 cellranger count 处理原始fastq文件 # 注意所有fastq文件必须为Sa…

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单细胞Seurat>h5>h5ad>loom

Posted on 2024年 11月 6日2024年 11月 6日 by KevinZhou

Seurat>h5 (R的Dior包) # 首先在~/.bashrc中添加以下配置,防止文件只能读/写 …

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Mutect2 Tumor-only mode

Posted on 2024年 10月 21日2024年 12月 20日 by KevinZhou

官方脚本模板: gatk Mutect2 \ -R reference.fa \ -I sample.bam …

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samtools flagstat 结果解读

Posted on 2024年 10月 21日2025年 10月 11日 by KevinZhou

Samtools flagstat samtools flagstat EXAMPLE.bam > EX…

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SELECT——突变/CNV相关性算法

Posted on 2024年 10月 16日2024年 10月 16日 by KevinZhou

SELECT R包及测试数据下载链接 注意 1.6 版本的SELECT需要修改源代码,在select_APC_…

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