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pyclone-vi 亚克隆鉴定 + Citup进化树推断 + Timescape 可视化

Posted on 2025年 2月 24日2025年 7月 11日 by KevinZhou

1.使用mutect按病人同时处理样本 gatk Mutect2 -R /data02/zhangmengme…

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vcf2maf

Posted on 2025年 2月 21日2025年 2月 21日 by KevinZhou

perl -ne 'chomp;next if($_=~/^$/);my @a=split /\t/…

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manta+strelka2/varscan2 call somatic mutation

Posted on 2025年 2月 20日2025年 7月 10日 by KevinZhou

manta+strelka2 call somatic mutation bgzip -f AgilentV6…

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fasta参考基因组常规预处理

Posted on 2025年 2月 18日 by KevinZhou

bwa 预处理 bwa index gencode_GRCh38.p14.genome.fa samtools…

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TMB的定义与计算

Posted on 2025年 1月 20日2025年 2月 26日 by KevinZhou

参考链接1 TMB的定义 TMB的定义如下:TMB was defined as the number of …

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使用facets进行肿瘤拷贝数推断

Posted on 2025年 1月 17日2025年 2月 24日 by KevinZhou

github dariober/cnv_facets 官网 安装 cnv_facets 并准备文件 conda…

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密码保护:Mutation CCF的计算和通过PyClone推断肿瘤亚克隆

Posted on 2025年 1月 17日2025年 6月 11日 by KevinZhou

无法提供摘要。这是一篇受保护的文章。

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从零开始的BISCUT+推断体系CNA的fitness(适应度)

Posted on 2025年 1月 8日2025年 1月 17日 by KevinZhou

Github网址 安装 conda create -n biscut conda activate biscu…

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使用Annovar进行vcf注释并绘制瀑布图

Posted on 2024年 12月 31日2025年 7月 4日 by KevinZhou

1. 下载Annovar软件本体 https://annovar.openbioinformatics.org…

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dN/dS 的计算,核心理念及应用

Posted on 2024年 12月 31日2025年 1月 2日 by KevinZhou

核心理念原文链接 dN/dS 是什么 这里的 S 即 Synonymous,N 即 Nonsynonymous…

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