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Mutect2 Tumor-only mode

Posted on 2024年 10月 21日2024年 12月 20日 by KevinZhou

官方脚本模板: gatk Mutect2 \ -R reference.fa \ -I sample.bam …

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samtools flagstat 结果解读

Posted on 2024年 10月 21日2024年 10月 31日 by KevinZhou

Samtools flagstat samtools flagstat EXAMPLE.bam > EX…

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SELECT——突变/CNV相关性算法

Posted on 2024年 10月 16日2024年 10月 16日 by KevinZhou

SELECT R包及测试数据下载链接 注意 1.6 版本的SELECT需要修改源代码,在select_APC_…

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突变类型

Posted on 2024年 9月 11日 by KevinZhou

SNP & InDel: missense: 错义突变 nonsense: 无义突变 frameshi…

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BPT LCM 用 FFPE 切片 HE 染色流程

Posted on 2024年 9月 11日2024年 10月 21日 by KevinZhou

0. 备物 PEN覆膜玻片 多聚赖氨酸(Poly-L-Lysine, PLL) 溶液(1x, 0.1mg/ml…

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STAR-RSEM Hg38

Posted on 2024年 8月 12日2024年 8月 15日 by KevinZhou

构建 STAR & RSEM 参考基因组 # STAR GENCODE STAR –runThrea…

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InferCNV + UPhyloplot2 构建单细胞进化树

Posted on 2024年 8月 5日2024年 8月 23日 by KevinZhou

1. 下载UPhyloplot2软件 UPhyloplot2 Github官网: https://github…

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ATAC-seq 分析流程

Posted on 2024年 7月 25日2025年 2月 21日 by KevinZhou

0. 新建文件夹 mkdir {rawdata, align, macs3} 1. 数据质控+过滤同WES &…

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WES hg38流程

Posted on 2024年 7月 25日2025年 5月 8日 by KevinZhou

1. 建立文件夹 mkdir {rawdata,align,somatic,sequenza} 2. 数据质控…

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HLA-HD

Posted on 2024年 7月 23日2024年 7月 23日 by KevinZhou

1. 软件安装 1.1 conda 安装bowtie2 conda create -n bowtie2 con…

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