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TMB的定义与计算

Posted on 2025年 1月 20日2025年 2月 26日 by KevinZhou

参考链接1 TMB的定义 TMB的定义如下:TMB was defined as the number of …

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使用facets进行肿瘤拷贝数推断

Posted on 2025年 1月 17日2025年 2月 24日 by KevinZhou

github dariober/cnv_facets 官网 安装 cnv_facets 并准备文件 conda…

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Mutation CCF的计算和通过PyClone推断肿瘤亚克隆

Posted on 2025年 1月 17日2025年 1月 17日 by KevinZhou

通过vcf文件推断突变CCF(Cancer Cell Fraction) vcf文件中已经有了AF(Allel…

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从零开始的BISCUT+推断体系CNA的fitness(适应度)

Posted on 2025年 1月 8日2025年 1月 17日 by KevinZhou

Github网址 安装 conda create -n biscut conda activate biscu…

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使用Annovar进行vcf注释并绘制瀑布图

Posted on 2024年 12月 31日2025年 1月 23日 by KevinZhou

1. 下载Annovar软件本体 https://annovar.openbioinformatics.org…

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dN/dS 的计算,核心理念及应用

Posted on 2024年 12月 31日2025年 1月 2日 by KevinZhou

核心理念原文链接 dN/dS 是什么 这里的 S 即 Synonymous,N 即 Nonsynonymous…

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配置OncoAnalyzer

Posted on 2024年 12月 20日2024年 12月 20日 by KevinZhou

conda create -n hmftools_env conda activate hmftools_en…

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禁用UniAccess Agent

Posted on 2024年 11月 15日 by KevinZhou

@echo on set /a count=0 set /a max=10 :loop if %count% …

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从Cellranger Count开始的velocyto、scvelo速率分析

Posted on 2024年 11月 6日2024年 11月 6日 by KevinZhou

1. 首先使用 cellranger count 处理原始fastq文件 cellranger count -…

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单细胞Seurat>h5>h5ad>loom

Posted on 2024年 11月 6日2024年 11月 6日 by KevinZhou

Seurat>h5 (R的Dior包) # 首先在~/.bashrc中添加以下配置,防止文件只能读/写 …

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