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作者: KevinZhou

使用vcftools拆分多样本vcf文件

Posted on 2025年 4月 27日2025年 4月 27日 by KevinZhou

vcftools下载地址: https://vcftools.github.io/ 安装: autogen.s…

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Germline mutation: GATK HaplotypeCaller

Posted on 2025年 3月 17日2025年 3月 21日 by KevinZhou

1. 前期处理 同somatic,处理成bqsr.bam 2. 按样本运行HaplotypeCaller生产g…

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ASCAT(Allele-Specific Copy Number Analysis of Tumors) + breakclone

Posted on 2025年 3月 12日2025年 3月 12日 by KevinZhou

教程:https://github.com/VanLoo-lab/ascat/tree/master/Exam…

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scarHRD

Posted on 2025年 3月 10日2025年 3月 10日 by KevinZhou

1. 进入虚拟环境并安装sequenza scarHRD需要sequenza的结果文件运行 conda act…

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pyclone(老版)亚克隆鉴定

Posted on 2025年 3月 5日2025年 3月 5日 by KevinZhou

1.使用mutect按病人同时处理样本 gatk Mutect2 -R /data02/zhangmengme…

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msisensor-pro

Posted on 2025年 2月 25日2025年 3月 10日 by KevinZhou

使用说明书: https://github.com/xjtu-omics/msisensor-pro/blob…

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pyclone-vi 亚克隆鉴定 + Citup进化树推断 + Timescape 可视化

Posted on 2025年 2月 24日2025年 3月 5日 by KevinZhou

1.使用mutect按病人同时处理样本 gatk Mutect2 -R /data02/zhangmengme…

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vcf2maf

Posted on 2025年 2月 21日2025年 2月 21日 by KevinZhou

perl -ne 'chomp;next if($_=~/^$/);my @a=split /\t/…

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manta+strelka2/varscan2 call somatic mutation

Posted on 2025年 2月 20日2025年 2月 21日 by KevinZhou

manta+strelka2 call somatic mutation bgzip -f AgilentV6…

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fasta参考基因组常规预处理

Posted on 2025年 2月 18日 by KevinZhou

bwa 预处理 bwa index gencode_GRCh38.p14.genome.fa samtools…

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