1. 软件安装
1.1 conda 安装bowtie2
conda create -n bowtie2
conda activate bowtie2
conda install bioconda::bowtie2
1.2 官网下载HLA-HD软件并解压
https://www.genome.med.kyoto-u.ac.jp/HLA-HD/
解压后运行 sh install.sh
bin文件夹下的所有sh脚本进行chmod 777，之后将bin文件夹路径添加入~/.bashrc
1.3 更新HLA库
sh update.dictionary.sh
1.4 运行前准备
ulimit -Sa
# 查看open files参数，如果<1024则：
ulimit -n 10242. 构建批量运行脚本
mkdir HLA_HD
cd HLA_HD
conda activate HLA_HD
# 老perl版
ls ../rawdata/*.R1.clean.fastq.gz|perl -ne 'chomp;my $name=$1 if($_=~/\/([^\/]+)\.R1/);print "hlahd -t 2 -m 100 -c 0.95 -f /data02/zhangmengmeng/software/hlahd.1.7.0/freq_data ../rawdata/$name\.R1.clean.fastq.gz ../rawdata/$name\.R2.clean.fastq.gz /data02/zhangmengmeng/software/hlahd.1.7.0/HLA_gene.split.txt /data02/zhangmengmeng/software/hlahd.1.7.0/dictionary $name ./ && echo $name ok\n"' >hlahd.sh
# 新shell命令
for r1 in ../rawdata/*_R1.fastq.gz; do name=$(basename "$r1" _R1.fastq.gz); echo "hlahd.sh -t 2 -m 100 -c 0.95 -f /home/zhoukaiwen/software/hlahd.1.7.1/freq_data ../rawdata/${name}_R1.fastq.gz ../rawdata/${name}_R2.fastq.gz /home/zhoukaiwen/software/hlahd.1.7.1/HLA_gene.split.txt /home/zhoukaiwen/software/hlahd.1.7.1/dictionary $name ./ && echo $name ok"; done > hlahd.sh